专项资金审计的目标是通过审计各项资金的收支余规模、结余形态、经办管理以及制度建设和执行情况，揭露基金筹集、管理、使用中存在的突出问题和潜在风险，反映制度建设和政策执行中存在的问题，提出规范资金管理、促进资金安全、完善项目建设体系的政策性建议。
